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当センターは、研究所が京都大学に附置・設立された翌年の昭和43年（1968年）に、実験研究用サル類の飼育を担当する飼育室としてスタートしました。 昭和44年（1969年）には、飼育だけではなく健康管理を行なう専門部署として附属サル類保健飼育管理施設（サル施設）となり自家繁殖供給体制を確立しました。 自家繁殖供給体制は「研究所で研究に使うサルは、野生からの収奪によらず自前で生産供給する」というこの自然保護の理念を実践したものです。 平成11年（1999年）にサル施設からセンターへ改組されて教員スタッフが倍増し、 さらにリサーチリソースステーション計画の実現、 ナショナルバイオリソース事業の推進などによって施設（飼育環境）が拡充された結果、 平成21年度には飼育サル数が1000頭を越えるほどになりました。 これらにより現在では、さまざまな研究用サル類の飼育・繁殖と健康管理を一手に担うとともに、新たな霊長類の実験動物学分野の確立に向けて、 分子レベルから個体レベルさらには群れ（社会生態）レベルまで多様な研究を教員と技術職員が有機的に連携しながら進めています。